San Lorenzo en su historia logro los siguientes titulo de campeón en inferiores:

Intermedia: 1921 y 1922
.
Segunda: 1939
.
División Reserva: 1922 y 1924, 1939, 1940, 1947, 1948, 1953, 1954, 1969, 1970, 1996/97, 1998/1999, 2015 y 2018/19, 2019 copa de la Superliga.
Nota: Entre 1971 y 1980 se dejó de disputar, volviéndose a jugar a partir de 1981.
Tercera División: 1917, 1927, 1935, 1944, 1947, 1957, 1959, 1963 y Metro 1972
.
Cuarta División: 1924, 1932, 1941, 1945, 1963, 1982 (Primera B), Torneo Especial 1987 y 2014.
.
Quinta División: 1934, 1936, 1939, 1967 ,1988 y 2015.
.
Sexta División: 1961, 1980, 1982 (Primera B), 1986, Torneo Especial 1987, Clausura 2001 y 2006.
.
Séptima División: 1955, 1960,1964, 1968, 1970, 1992, Apertura 2004, 2006, 2011,  2013 y 2021.
.
Octava División: 1950, 1960, 1956, 1965, 1969, 1972, 1978 y Clausura 2000.
.
Novena División: 1962, 1963, 1968, 1977, Apertura 1999, Clausura 1999 y Clausura 2000.
.
El Club comenzó su desarrollo en esta área de manera paralela con el crecimiento de la entidad y el fútbol superior, cosechando también desde los primeros años una serie de títulos importantes. Hasta 1949, ocuparon una función formativa, la Cuarta "A" y "B", y la Quinta "A" y "B". Esporádicamente, la entidad dispuso de Equipos "C" o de la Cuarta Especial. Desde mediados del Siglo XX, el fútbol menor al margen de la Reserva, ya organizó sus categorías entre la Cuarta y Novena División, a lo que se agregó el fútbol infantil a partir de 1985.

Títulos de San Lorenzo en la Liga Metropolitana
.
1999 (4): Categorías 1987, 1988, 1989 y 1990.
.
2002 (3): Categorías 1988, 1990 y 1991.
.
2003 (4): Categorías 1988, 1989, 1991 y 1993.
.
2004 (3): Categorías 1989, 1993 y 1994.
.
2015 (1): Categoría 1999.

Además, el Club obtuvo la Copa Challenguer 2006 al mejor equipo del año. Inclusive, varios de sus equipos salieron al extranjero y en ese ámbito, su mayor logro resultó la Dallas Cup en Estados Unidos durante 1998. 
.
En Infantiles, el Club sumó 7 títulos entre todas sus categorías, en las campañas de 1995, 1998 (dos veces), 2002, 2004, 2005 y 2006.