José Francisco Sanfilippo, Apodado El Nene, surgió de las inferiores de San Lorenzo, con el que debutó el 15 de noviembre de 1953 contra Newell's Old Boys en Rosario. A la semana siguiente convirtió dos goles en El Gasómetro en la goleada 4-0 a Banfield. En 1954 volvió a la reserva, pero en 1955 consiguió hacerse un lugar entre los once titulares, convirtiendo 15 goles en esa temporada.

En 1957 integró la Selección Argentina que ese año conquistó el Campeonato Sudamericano, siendo suplente de Omar Sívori. Su debut en la selección fue el 9 de abril de 1957, en la victoria como visitante sobre Perú por 4 a 1. También integró el plantel que disputó la Copa del Mundo de 1958 en Suecia.

En 1959 consiguió el Campeonato Argentino con San Lorenzo, y además se coronó como goleador por segunda vez consecutiva. En 1962 formó parte de la selección que disputó el Mundial de Chile, pero que no consiguió pasar la primera ronda. En 1963 su pase fue comprado por Boca Juniors, con el que llegó a la final de la Copa Libertadores de ese año, perdiendo contra el Santos de Pelé.

Por problemas con los dirigentes fue transferido a Nacional de Montevideo. Antes de esto-siendo tal vez causa de lo anteriormente dicho-provocó un serio incidente al propinarle, mientras estaba en la banca de suplentes, un cachetazo al DT de Boca. En Nacional convirtió 16 goles en 17 encuentros hasta que en un amistoso contra el Vasco da Gama sufrió la fractura de tibia y peroné.

En 1966 pasó a formar parte del plantel de Banfield, en donde permaneció dos temporadas. Luego fue transferido al Bangú de Río de Janeiro, en el que permaneció poco tiempo, ya que fue cedido al Esporte Clube Bahia en 1968 y en el mismo año rescindió su contrato con el Bangú para firmar contrato de un año con el Bahia.